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神木臭柏自然保护区是以保护天然臭柏灌丛及其生存环境为主要目的的自然保护区。神木臭柏自然保护区属于毛乌素沙漠的东南缘,东临秃尾河,境内以固定和半固定沙丘为主。地表起伏不大,多在海拔1200米上下。神木臭柏自然保护区气候为中温带半干旱气候,年平均气温7.6℃,年平均降雨量440毫米,年蒸发量达1420毫米,冬春干旱多大风。在这样的条件下,地带性草原治污群落很少进入,而发育了一组适应于沙地特点的半隐域性植被类型,由沙生治污臭柏组成了这里的沙地植被。半个世纪以来,由于受樵采、放牧等人为破坏,当地区的臭柏灌丛林已由原来的2660公顷减少到2200公顷,且断续分布在秃尾河西岸的狭长地带上。
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